Projektanslag

Kroppen döljer en okänd djungel av mikrober

I människokroppen finns tio gånger fler bakterier än människoceller. Det finns också hundra gånger fler virus. Vad dessa bakterier och virus gör, är ännu en vit fläck på forskningens karta. Är de nyttiga för oss? Eller ställer vissa till skada? Nu ska Wallenbergfinansierade forskare studera vår bakterie- och virusflora närmare.

Att vi har en rik bakterieflora i våra tarmar börjar numera bli välkänt. Men att vi dessutom lever tillsammans med en enorm mängd virus är nyheter för många.

– Vi bär på många kroniska virusinfektioner, både virus som livnär sig på oss och virus som lever på bakterier i kroppen, säger Björn Andersson, professor i genomanalys vid Karolinska Institutet.

Vissa virus ställer till ett enormt rabalder när de infekterar oss. Andra finns där i tysthet. Dessa virus vet forskarna väldigt lite om. Det vill Björn Andersson råda bot på. Som koordinator i projektet kommer han att leta efter okända virus, medan kollegan Siv Andersson, professor i molekylär evolution vid Uppsala universitet, ska identifiera nya bakterier. Det handlar dels om att kartlägga hela vår mikroflora, dels om att undersöka kopplingen mellan mikrofloran och olika sjukdomar.

– Vi kommer att sekvensera prover från olika kroppsvätskor och från patienter som till exempel har infektionssjukdomar, diabetes, neurologiska sjukdomar, schizofreni eller epilepsi, säger Björn Andersson.

Okänt virus gav barn andningsproblem

Forskarna får sina prover från Tobias Allander, chef för klinisk mikrobiologi, den enhet som analyserar Karolinska Universitetssjukhusets alla patientprover. Han har utvecklat metoder för att anrika virus i kliniskt material.

För några år sedan inriktade sig forskarna på snor som kom från barn med djupa luftvägsinfektioner. Föräldrarna kom akut till sjukhuset eftersom barnen hade svårt att andas, men ingen visste vad som var fel på dem.
Med hjälp av moderna genanalysmetoder hittade Björn Andersson ett helt nytt virus som flera av barnen bar på.

– Det var ett humant bocavirus. Viruset har släktningar som orsakar tarmsjukdomar. Men det här viruset ger ofta ganska svåra luftvägsinfektioner, säger Björn Andersson.

Upptäckten öppnade ett helt nytt forskningsfält inom den kliniska virologin. Forskare utvecklade nya diagnosmetoder och idag kan barnen få bättre hjälp när de kommer till sjukhuset. Bär de på detta virus vet läkaren att det kommer bli en svår infektion.

I ett annat projekt håller Björn Anderssons forskargrupp på att kartlägga prover från tvillingpar där den ena lider av trötthetssyndrom, men inte den andra.

– Vi har hittat vissa tecken på kroniska infektioner som fanns hos de trötta, men inte hos de pigga. Men detta är bara en indikation. Vi har inte tittat på tillräckligt många patienter ännu för att kunna få statistiskt signifikanta resultat, säger Björn Andersson.

Ett gigantiskt pussel av okända mikrober

När prover kommer in från patienter, renar forskarna fram all arvsmassa, allt DNA, och ser till att få bort så mycket av den mänskliga arvsmassan som möjligt. Den resterande arvsmassan, där det mesta kommer från virus och bakterier, slår forskarna sönder i små bitar. Sedan genomför de en så kallad sekvensering, de läser av i vilken ordning DNA:s byggstenar, nukleotiderna adenosin (A), tymin (T), guanin (G) och cytosin (C) ligger i de små bitarna.

Efter detta kommer den gigantiska utmaningen: att pussla ihop alla dessa små bitar till en helhet.

Det är ungefär som att de läser flera miljoner slumpmässiga meningar från ett stort bibliotek fyllt av DNA-böcker. Varje bok motsvarar arvsmassan för en bakterie eller ett virus. Många av böckerna har forskarna full koll på. Läser de en mening från den boken vet de precis vart den passar in och att just den mikroben finns i provet. En stor del av meningarna är dock ännu helt okända för forskarna. De har ingen aning om varifrån de kommer.

– Det är en stor proportion i alla prover som inte träffar någon sekvens som är känd. Antingen är det en okänd bakterie eller ett nytt virus, säger Björn Andersson.

Dessa meningar är högintressanta, för det innebär att forskarna kan vara något nytt på spåren. Kanske ett helt nytt sjukdomsalstrande mikrob. En sådan upptäckt är det första viktiga steget mot att kunna diagnostisera och bota sjukdomar. Chanserna att Björn Andersson och Siv Andersson kommer att lägga grunden för helt nya forskningsområden är stora. De är vår tids upptäcktsresande, men i stället för att kartlägga nya marker i avlägsna världsdelar, har de gett sig in i kroppens mikroskopiska djungel av okända varelser. Vad de kommer hitta är det ingen som vet.

Text Ann Fernholm
Bild Magnus Bergström